我想在C.acetobutylicumATCC824全基因组中搜索含有某个转录因子结合序列的基因或序列，事先在其他物种中查找到了这个转录因子的结合序列或大致模式。
（1）日本有个网站TRANSFAC不行的，但是我要找的是原核生物的；
（2）Prodoric的virtual foot软件也不行：1文献报道的B.subtilis中一个已经熟知的转录因子的19bp结合序列输入进去竟然说找不到，直到允许4mismatch才给出好多无关的结果；2我把事先用virtual foot已经查好的某个转录因子的结合位点序列再重新输入进去查找，0 mismatch,1 mismatch 它又找不到了。什么破玩意！
（3）NCBI中可以直接搜索含有某个转录因子结合序列的所有基因吗？还可以选择1-mismatch,2 mismatch等进行匹配？看到好多文献里面讲在某某全基因组中搜索什么什么转录因子结合序列，也没指明软件。返回小木虫查看更多
如果你可以把基因组序列下载回来，可以用Vector NTI的motif分析来做。
貌似没有mismatch的选项，不过可以设置相似度，相似度越低得到的结果越多。
也可以把你的结合序列添加成一个\"内切酶”，用酶切位点分析来做。
软件的使用很简单，论坛也有许多教程，就不赘述了。
把序列填进去的时候可以参照下面的简并碱基表：
Nucleotides (Cornish-Bowden, 1985):
SymbolMeaning
GG
AA
TT or U
CC
UU or T
RG or A
YT, U or C
MA or C
KG, T or U
SG or C
WA, T or U
HA, C, T or U
BG, T, U or C
VG, C or A
DG, A, T or U
NG, A, T, U or C，
引用回帖:2楼: Originally posted by 西瓜 at 2013-05-23 16:43:56
如果你可以把基因组序列下载回来，可以用Vector NTI的motif分析来做。
貌似没有mismatch的选项，不过可以设置相似度，相似度越低得到的结果越多。
也可以把你的结合序列添加成一个\"内切酶”，用酶切位点分析 ...
下载序列 所在基因名称、 binding sites在ATG之前的位点等信息就不太方便
引用回帖:2楼: Originally posted by 西瓜 at 2013-05-23 16:43:56
如果你可以把基因组序列下载回来，可以用Vector NTI的motif分析来做。
貌似没有mismatch的选项，不过可以设置相似度，相似度越低得到的结果越多。
也可以把你的结合序列添加成一个\"内切酶”，用酶切位点分析 ...
（1）A genome-wide search using the genome sequence of S. aureus COL revealed the presence of 461 motifs up to 400 bp upstream of
predicted genes: 16 motifs without a mismatch, 25 motifs
with one mismatch, and 420 motifs with two mismatches
(data not shown).To 。。。。
（2）It is also worth noting that when using the consensus sequence
to do a whole genome search allowing two or three mismatches,
many more putative Rex-binding sites could be identified in
intergenic regions and upstream of genes that 。。。
好多文献都是这样讲的，软件都没提到？！
引用回帖:3楼: Originally posted by 看天 at 2013-05-23 17:02:47
下载序列 所在基因名称、 binding sites在ATG之前的位点等信息就不太方便...
确实。我老板最近也要我干这事，不知道有没有更好的办法。
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